第4章 探索工具与科学计算环境

探索工具

根据所需结果选择工具：检索记录、查看文件、执行计算或连接外部服务。应用程序集成了这些功能，但它们的设置和证据要求各不相同。

选择工具类型

所需功能 | 起始点 | 准备工作 | 事后检查项 读取文件、规划任务、计算或发布结果 | 内置研究工具 | 可访问的项目输入和操作权限 | 工具响应、输出文件及执行记录 查找某方法使用的科学软件 | 科学工具目录 | 单独检查 Skill 安装之外的软件包/权重 | 实际可执行文件/导入项及版本 运行 Python、R 或科学工作负载 | 科学工具 | 选定的运行时、软件包或计算主机 | 代码、错误、输出校验及来源信息 查询生物医学/科学记录 | 科学数据库 | 已启用的连接器、网络及所需凭证 | 来源 ID、返回字段及截断情况 检查 CSV、TSV 或电子表格数据 | 表格和数据集 | 支持的文件格式及当前输入 | 可见的行/列、分隔符及完整数据维度 阅读论文、序列、结构及其他输出 | 科学查看器 | 支持的格式 | 渲染内容及任何预览限制 连接 MCP 服务器 | 连接器和 MCP | 服务器配置和信任关系 | 连接状态及真实的工具响应 配置服务身份/密钥 | 服务凭证 | 正确的服务和可用账户 | 验证结果或有界实时查询 通过工具暴露本地数据 | 自定义 MCP 工具 | 带输入模式的可用服务器 | 发现功能、成功调用及实际故障行为

可用性的多层含义

“已列出”表示应用程序识别该资源。“已启用”表示选定的智能体可以使用它。“已连接”确认连接器会话，但无法证明特定查询有效。“已执行”表示工具实际返回了结果或错误。“已验证”表示该结果已根据任务进行检查。

本地示例包含真实的 GSE60450 RNA-seq 计数、自定义只读 QC 服务器、阿司匹林分子工件以及公开序列/结构输入。这两种语言版本均使用英文应用截图。远程 GPU/SSH 执行以及此设备上不可用的凭证，明确区别于已完成的本地操作。

向智能体提出有界请求

指定来源、操作和预期输出。对于数据库查询，包含标识符命名空间和小结果限制。对于计算，指明输入、选定的语言及检查项。如果工具无法运行，要求返回实际错误；从模型记忆中重构的答案不算成功的工具调用。

Skill 提供方法；Specialist 提供可复用角色。二者均不会自动安装软件、提供凭证或使不可访问的文件可用。

实现参考：ConnectorsPanel.tsx、preview-support.ts。