9 v2.2.1 更新于 2026-11-04

PubChem Finder MCP Server

通过结构搜索 PubChem：本地相似性/子结构索引、实时 PubChem 数据、RDKit 工具

适用客户端

本地客户端

Claude Desktop、Claude Code、Cursor、Cline 等支持本地 MCP 的客户端

本地运行(pypi)

{
  "mcpServers": {
    "pubchem-finder": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "pubchem-finder"
      ]
    }
  }
}

将上方 JSON 加入 MCP 客户端配置(如 Claude Desktop 的 claude_desktop_config.json 或项目的 .mcp.json)即可接入;远程接入按客户端要求填写 URL 与鉴权头。

pubchem_lookup

将名称、CID、SMILES 或 InChIKey 解析为 PubChem 记录,包括标识符、分子式、分子量、XLogP、氢键数、TPSA 和链接。

compound_properties

对任意 SMILES 计算 RDKit 描述符并进行 Lipinski 检查(离线)。

standardize

去除盐和反离子、中和并规范化结构(离线)。

compare

基于 ECFP4 和 MACCS 指纹计算两个分子的 Tanimoto 相似度(离线)。

medchem_profile

提供 QED、合成可及性、Lipinski/Veber、带原子定位的 PAINS/Brenk/NIH 警示以及 Murcko 骨架(离线)。

draw_molecules

以内联图像渲染结构,可高亮 SMARTS 匹配、相对参考结构的变化或相似度图(离线)。

similarity_search

在本地索引中搜索最相似的化合物,可按 Murcko 骨架分组。

substructure_search

在本地索引中查找包含指定 SMILES 或 SMARTS 片段的化合物,按 CID 升序返回。

index_status

报告本地索引是否已构建、其内容、当前本地搜索覆盖范围以及如何构建缺失部分。

pubchem_similarity_search

实时在全部 PubChem 中搜索相似化合物并用 ECFP4 重新打分。

pubchem_substructure_search

实时在全部 PubChem 中搜索包含指定片段的化合物。

pubchem_exact_match

查找与指定结构完全匹配的 PubChem 记录,可选择忽略立体化学或同位素。

pubchem_synonyms

获取指定 CID 的常用名、品牌名和系统名等同义词。